Mikloško begon zijn carrière bij Baník Ostrava. In 1980 maakte hij een tijdelijke overstap naar TJ Rudá Hvězda Cheb (Rode Ster Cheb), om 1982 weer terug te keren. Tot 1990 was Mikloško te bewonderen op het veld van Baník Ostrava. In dat jaar maakte hij de overstap naar de Engelse club West Ham United. Hij was al meteen in zijn eerste jaar succesvol bij West Ham. De club promoveerde en wist de finale van de FA Cup te behalen, Mikloško kreeg de prijs Hammer of the year uitgereikt. In 1998 maakte hij de overstap naar Queens Park Rangers, waar hij zijn actieve voetbalcarrière in 2001 afsloot.